As doenças autoimunes compreendem um grupo com mais de 80 patologias, como por exemplo:

Diabetes tipo 1;
Psoríase;
Vitiligo;
Lúpus;
Esclerose múltipla; Síndrome de Sjörgren; Artrite reativa;

As doenças autoimunes, normalmente, têm origem crônica, mas podem ser contidas com tratamentos que controlam o processo autoimune.
Na ozonioterapia uma das técnicas utilizadas para o tratamento de doenças autoimunes é a auto-hemoterapia ou insuflação retal, na qual visam modular o sistema imunológico e, assim, levá-lo ao controle novamente.
Sendo assim, a ozonioterapia corrige alguns mecanismos fisiológicos, reduzindo a autoimunidade e estimula a produção de antioxidantes e anti-inflamatórios que são essenciais para o controle dos sintomas causados por esses tipos de doenças.